总体部
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软件基础研究部?
????????——基础软件与系统重点实验室（计算机科学国家重点实验室）
??? ?????——量子软件研究室?
????????——并行软件与计算科学实验室?
????????——可信计算与信息保障实验室?
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软件高技术研究部?
????????——基础软件国家工程研究中心?
????????——中文信息处理实验室
????????——软件工程技术研究开发中心?
????????——人机交互技术与智能信息处理实验室?
????????——智能博弈重点实验室（原互联网软件技术实验室）
????????——智能软件研究中心
????????——时空数据管理与数据科学研究中心
????????——基础软件测评实验室
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软件应用研究部?
????????——天基综合信息系统全国重点实验室
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软件发展研究部
????????——协同创新中心?
????????——集成创新中心
